いつもたいへん便利に使わせてもらっています！
こちらmacOS Mojave 10.14を使っています。
OmniFocusというツールを使っていて、そこのノートのような欄に、inkdropのURL（ inkdrop://note:XXXXX という形式）を貼り付けるとリンクが生成されるのですが、そのリンクをクリックすると、「URL inkdrop://note:XXXXX を開くデフォルトのアプリケーションが設定されていません。」と出てきます。
そこで「アプリケーションを選択…」を押して、「選択対象」ドロップダウンに「すべてのアプリケーション」を選んだうえで、Inkdropを選べば、Inkdropが開くのですが、すぐに非アクティブになってしまい、何も起きません。
他のケースだと、たとえばOptionキーを押しながらクリックすればデフォルトとして開けたりするのですが、今回のケースでは残念ながら出てこないです。
何か見落としているかもしれませんが、何かヒントがあればご教授頂けると幸いです。