そうですね、 .CodeMirror 自体に padding-top を追加するとその分だけ変換ウインドウも相対的に下に下がるようです。ただしそれもCodeMirrorの意図しない挙動のように感じるので注意です。
変換ウインドウが1文字入力ごとに左にずれていく現象は、macOSおよびWindows 10 + Microsoft IMEの僕の環境では再現できませんでした。ATOK依存の問題かもしれません。
根本解決としては、現在開発中の新CodeMirrorにアップグレードする事でしょう。
しかしながらまだ開発途中である事と、多くのbreaking changesを伴うので、プラグインのアップグレードも含めて慎重に行う必要があります。それはまだ先になりそうです。
ひとまず、すべての環境にてIME変換ウインドウがズレてしまうという致命的な問題は解決したため、このfixでリリースしたいと思います。