tacoさん
ご報告ありがとうございます。
Evernoteからインポートが上手くいかないとの事ですね。
まずご報告いただいたHTMLファイルを手元でインポートしてみたところ、確かに各ラインがリンクになっている事を確認しました。
HTMLを調べた所、以下の不正なリンク記述があることを見つけました：
<a name="35301"/>
この中身のないアンカー用リンクが上記のような壊れたMarkdownに変換する原因となっています。
取り除くと、正常にインポートできました。
Evernoteにてノートを作り文字を書く限りでは上記のようなアンカーリンクは挿入されませんので、何か外部サイトなどからコピペした際に紛れ込んだものではないかと思われます。
HTMLとしてはvalidなので、これが壊れたMarkdownとなってしまうのは内部で使用しているライブラリのバグっぽいですね。
直せるかどうか調べてみます。
書体についてですが、文字色やフォントの指定はもともとMarkdownでは対応しておりません(インラインHTMLを使う必要があります)。
太字や斜体については <b> や <i> タグでの装飾であれば正しく変換できますが、スタイルシート経由での装飾は検出が複雑なため対応しておりません。
画像のインポートは、今のところ一度に大量の画像がインポートされてサーバに負荷がかかる事を避けるため、今の所は対応しておりません。
しかしながら最近はサーバも安定しているため、画像インポートに関しては今後対応していく予定です。
テーブルを記載したノートのインポートに失敗したとのことですが、手元では再現できませんでした。
再現できるHTMLをご報告いただけると幸いです。